ساختار پيشنهادي تشكيلات داخلي كتابخانه شامل مديريت، سه گروه، دو كميته و يك شورا مي‌باشد. گروههاي كاري شامل مجموعه سازي، سازماندهي منابع و اشاعه اطلاعات مي‌باشد كه امور جاري كتابخانه را انجام مي‌دهند. كميته اجرائي سياستهاي كلان و كميته فني برنامه‌ها و نحوه اجراي برنامه‌ها را تعيين كرده و شوراي هماهنگي رابط كتابخانه با اعضاء و مخاطبين بوده و پيشنهادات تهيه منابع را مصوب مي‌كند.

1- مديريت: مدير كتابخانه با حكم معاونت اطلاعات علمي و نوآوريها منصوب مي‌شود. وظايف بر حسن انجام امور جاري كتابخانه، تقسيم وظايف ونظارت بر نحوه عملكرد كاركنان، ايجاد هماهنگي با مديريتها و پژوهشكده‌هاي سازمان و همچنين مراكز خارج از سازمان را درحدود اختيارات تفويض شده عهده‌دار است. همچنين كليه امور اداري- مالي و دفتري كتابخانه در اين حوزه و زير نظر مدير انجام مي‌شود.

2- گروه مجموعه سازي: اين گروه انجام كليه امور مربوط به تهيه كليه منابع كتابخانه را عهده دار مي‌باشد. وظايف مربوط به واحدهاي انتخاب و سفارش منابع شامل كتب، نشريات، لوحهاي فشرده، استانداردها، فيلمها، نقشه‌ها، اسناد و بانكهاي اطلاعاتي، مبادله و اهدا و امور نمايشگاهها به عهده اين گروه مي‌باشد.

3- گروه سازماندهي: اين گروه انجام كليه امور مربوط به آماده كردن منابع پس از تهيه تا بهره‌برداري نهايي را عهده دار مي‌باشد. وظايف مربوط به واحدهاي فهرست‌نويسي، امور ديتا، انتشارات شامل صحافي، حفاظت و نگهداري منابع و چاپ وتكثير، آماده‌سازي منابع، نمايه‌سازي و چكيده نويسي به عهده اين گروه مي‌باشد.

4- گروه اشاعه اطلاعات: اين گروه انجام كليه امور مربوط به بهره برداري از منابع را عهده دار مي‌باشد. وظايف مربوط به واحدهاي امانت، خدمات اطلاع‌رساني و مرجع، مديريت بانكهاي اطلاعاتي، مديريت سيستم جامع، امور ديداري- شنيداري به عهده اين گروه مي‌باشد.

5- كميته اجرائي:‌ وظيفه كميته اتخاذ تصميم يا تبيين سياستهاي كلان كتابخانه، برسي و رفع مشكلات اداري و ارتباطات كتابخانه مي‌باشد. اعضاء كميته اجرائي شامل رئيس يا نماينده سازمان، رئيس يا نماينده پژوهشگاه، معاون اطلاعات علمي ونوآوريها، مدير كتابخانه، مديران گروهها و در صورت لزوم حسب موضوع مورد بحث يك يا دو نفر خارج از كتابخانه مي‌باشد.

6- كميته فني: وظيفه كميته اتخاذ تصميم در امور فني و جاري كتابخانه اعم از مجموعه سازي، سازماندهي و اشاعه اطلاعات و ايجاد هماهنگي بين گروهها و بخشهاي مختلف كتابخانه، همچنين اتخاذ تصميم جهت تهيه منابع بر حسب پيشنهادات شوراي هماهنگي مي‌باشد. كميته فني متشكل از مدير كتابخانه، مديران گروهها و حسب مورد ديگر كاركنان كتابخانه مي‌باشد.

7- شوراي هماهنگي: وظيفه شورا ايجاد ارتباط بين كتابخانه و مخاطبين اعم از پژوهشكده‌ها، معاونتها، مديريتها و ديگر مراكز مرتبط مي‌باشد. منابع پيشنهادي اعضاء براي خريد يا اشتراك مورد بررسي، اولويت‌بندي و تأييد قرار گرفته و جهت تصويب نهايي به كميته فني ارائه مي‌گردد. اين شورا متشكل از معاون اطلاعات علمي و نوآوريها يا نماينده ايشان، نماينده پژوهشگاه، نمايندگان پژوهشكده‌ها و مديريتها، مدير كتابخانه، حسب مورد از مديران گروههاي كتابخانه مي‌باشد.